宋文帝下令逮捕檀道濟和他的兒子給事黃門侍郎檀植、司徒從事中郎檀粲、太子舍人檀隰、征北主簿檀承伯、秘書郎檀遵等八人,都在廷尉處斬首。又收捕司空參軍薛彤到建康處死。派遣尚書庫部郎顧仲文、建武將軍茅亨到尋陽,收捕檀道濟的兒子檀夷、檀邕、檀演及司空參軍高進之斬首。
薛彤、高進之都是檀道濟心腹,勇敢而有武力,當時人把他們比作張飛、關羽。起初,檀道濟見人來逮捕,脫下頭巾擲到地上說:“這是破壞你的萬里長城!”檀道濟死于宋元嘉十三年(436年)4月9日。次日,劉宋王朝為慶祝檀道濟被殺而大赦天下。宋文帝劉義隆一直都惱恨檀道濟,甚至在元嘉二十七年(450年),宋文帝劉義隆還在公開地把河南重鎮的丟失,歸罪于檀道濟的“養寇自資”。直到南朝宋孝武帝登基之后,檀道濟之孫檀孺(檀邕之子)才被寬宥,到任官奉朝請。
晉義熙十二年(416年),劉裕北伐后秦,檀道濟為冠軍將軍,與王鎮惡同為先鋒,引軍沿淮水、淝水向許昌、洛陽進發。檀軍先抵項城,后秦守將姚掌不戰而降,但在進攻新蔡(今屬河南)時,遭到了后秦大將董遵的頑強扺抗。檀道濟督軍猛攻,破其城,殺董遵,繼而攻克許昌,擒獲后秦潁川太守姚垣及大將楊業。利用軍威大振之機,檀道濟乘勝前進,拔陽城,克滎陽,直抵成皋。秦征南將軍姚洸屯戍洛陽,急向關中乞求援兵。姚泓派將姚益男領一萬人馬星夜趕赴往救。可援軍尚未到達,檀道濟已攻下成皋,并會同其它部隊,四面環攻洛陽。姚洸孤軍難守,只得開城門出降。
次年三月,劉裕讓毛修之留鎮洛陽,令檀道濟率師繼續西進。王鎮惡克澠池,抵潼關。檀道濟和沈林子渡河北擊,進攻蒲(今山西永濟),想以此繞過潼關,進入關中。但后秦守軍戰斗力甚強,城堅難下。檀道濟不得不回軍河南,會同王鎮惡合攻潼關。
后秦太宰姚紹率軍五萬援救,開關出戰。晉軍奮擊,殺傷秦軍千余人。秦軍受挫后退駐定城(今陜西華陰東),據險固守。相拒數月,姚紹病死軍中。秦軍失去主將,無心戰守。八月,王鎮惡率舟師由黃河入渭水,至渭橋登岸,破后秦軍。姚泓出城投降,后秦滅亡。
劉裕東歸后,任檀道濟為征虜將軍、瑯琊內史。及劉裕建宋,檀道濟以佐命之功,改任丹陽尹、護軍將軍。永初三年(422年),檀道濟又奉命出為鎮北將軍、南兗州刺史,鎮守廣陵(今江蘇揚州),監淮南諸軍。
劉裕死后,宋少帝即位,檀道濟與徐羨之、傅亮、謝晦四人同為顧命大臣。北魏以宋值新喪,大舉南進,共出數路,攻略宋地,司州全部及青州、兗州、豫州大部分地區很快被魏軍奪占。檀道濟聞警,率軍救援。軍至彭城,司、青二州并告危急,檀道濟領兵不多,不足分赴,而青州道近,守軍薄弱,便統兵兼程往救。
魏軍見宋援軍將至,撤去青州治所東陽(今山東費縣西南)之圍。檀道濟兵至東陽,軍糧耗盡,只得停止追擊,又見東陽城已殘敝不堪,移青州治所于不其城(今山東即墨西南),爾后回軍湘陸(今山東魚臺東南),阻止了魏軍南進的勢頭。
元嘉七年(430年),為解除北魏對宋的威脅,宋文帝命檀道濟統軍北伐。宋軍前部到彥之進軍河南,收復洛陽、虎牢等地。但很快,北魏太武帝親自率軍反擊,擊潰了到彥之等部,劉宋前線部隊一片混亂,很多地方紛紛失守,退駐滑臺。
翌年一月,檀道濟率師往救滑臺,軍至壽張(今山東東平西南),遇魏安平公乙旃眷。檀道濟領軍奮勇前行,大破魏軍,并乘勝北進,前后二十余日,連戰三十余次,宋軍多捷,進抵歷城(今山東濟南)。最終因魏軍數量眾多,滑臺失陷,檀道濟最終全軍而還。


